Altres catedràtics van oferir els fons de les seues biblioteques per a dotar a la nova “llibreria” universitària. Lamentablement durant la Guerra de la Independència una bomba va provocar un incendi en l'edifici de la Universitat i va provocar la pèrdua de la major part d'aquest fons fundacional.

Aquesta catàstrofe va servir d'estímul a rectors, catedràtics i patricis valencians que van refer la Biblioteca, llegant les seues col·leccions particulars. Entre ells Vicent Blasco, Doménech Mascarós (primer bibliotecari de la institució), Salvador Perellós i Onofre Soler. La Universitat per la seua banda va dur a terme una política de compra i va obrir novament les seues portes en 1837.

Als seus fons es van unir les obres procedents de les biblioteques dels convents suprimits per la desamortització de Mendizábal, entre elles les procedents del monestir de Sant Miquel dels Reis, amb el llegat del duc de Calàbria.

La Biblioteca Universitària va ser, durant la Guerra Civil i després, dipositària dels llibres requisats a particulars i a institucions, els quals constituïxen un fons de gran utilitat per a l'estudi de la història social i les arts gràfiques d'aquesta època. Destaquem la col·lecció de cartells de la Guerra Civil espanyola.

La Biblioteca de la Universitat de València en l'actualitat

Des del segle XVIII fins a l'actualitat la Biblioteca ha anat evolucionat d'acord amb les necessitats de la Universitat a què servia i així s'ha passat d'una única biblioteca a biblioteques especialitzades per àrees de coneixement.

El segle XX va veure l'aparició de diferents Facultats i Escoles Universitàries i la creació de les seues corresponents biblioteques, fins i tot en molts casos van aparéixer biblioteques departamentals que intentaven recopilar el material bibliogràfic del seu interés i que, de fet, depenien del centre o departament a què servien.

A partir de l'aprovació dels Estatuts de la Universitat de València en 1985 es configura un servei general anomenat Servei d'Informació Bibliogràfica (SIB), que aglutina a totes i cadascuna de les biblioteques existents en la Universitat dotant-les d'instruments de cohesió:
1) Un únic catàleg automatitzat que informa sobre tot el material bibliogràfic dipositat en qualsevol biblioteca de la Universitat.
2) Una normativa comuna que afecta tots els processos bibliotecaris: adquisició, catalogació, circulació, normativa per a exposicions, préstec interbibliotecari, etc.

D'una altra banda, va començar a plantejar-se un nou esquema organitzatiu del Servei d'Informació Bibliogràfica, d'acord amb l'estructura dels diferents campus de la Universitat de València. L'any 1990 s'inaugura la Biblioteca de Ciències "Eduard Boscà" , l'any 1999 s'inaugura la Biblioteca de Ciències Socials “Gregori Maians”, l'any 2002 s'inaugura la Biblioteca d'Humanitats “Joan Reglà” i en 2009 la biblioteca de Ciències de la Salut "Pelegrí Casanova".

L'esquema organitzatiu es completa amb altres biblioteques més petites com la Biblioteca del Jardí Botànic "José Pizcueta" , la Biblioteca de Psicologia i Esports , la Biblioteca d'Educació "María Moliner". A més hi ha una Biblioteca Dipòsit, ubicada en el campus dels Tarongers on es custodien aquells llibres que tenen una menor freqüència d'ús.

D'altra banda, a partir de l'any 2000 ha irromput amb força la biblioteca electrònica, que ens permet facilitar la consulta de qualsevol tipus de document electrònic (llibres, revistes, enciclopèdies, diccionaris, tesis doctorals, material audiovisual) als membres de la Universitat de València sense importar el lloc i el moment.